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兩只公?;蚪M分別利用454 GS FLX Titanium進行測序,分別獲得了7.3倍和13.5倍基因組覆蓋度的數(shù)據(jù),約20.5G和37.9G的測序序列,然后用Newbler將超過30G的堿基序列與參照基因組進行比對,zui終超過86%的參考基因組有超過1x的覆蓋。
科學家應用一種稱為haplotracking的技術,確定了染色體中控制者重要的性狀的區(qū)域,這些區(qū)域在群體進化中受到較大的選擇性壓力。這項研究揭示了奶牛基因組進化的過程,顯示外在因素對這些重要基因的選擇作用,例如一些影響奶牛對傳染病抵抗能力的基因。r9600.cn
這兩只種牛的基因組約占目前北美荷蘭奶牛群體基因組的7%左右。研究人員從這兩只公牛基因組中,發(fā)現(xiàn)超過130萬個SNP,并利用這些SNP對其后代進行了單倍體型分型。研究人員發(fā)現(xiàn)了與繁殖、牛奶產(chǎn)量、抗病毒能力有關的一系列基因,這些基因控制的性狀都有可能影響到奶牛經(jīng)濟價值和奶廠的效益。
奶牛作為經(jīng)濟動物,長期以來受到很大的選擇壓力,如牛奶產(chǎn)量、奶脂含量,已經(jīng)有超過50年的人工養(yǎng)殖歷史,因此也積聚了大量的遺傳學信息,可以在后代的基因組中跟蹤,其后代也能重組這些單倍體型,這些信息可用于認識復雜性狀的遺傳學機制。